Reptilien besitzen ein ausgeprägtes Anpassungsvermögen und sind dadurch in der Lage, eine erstaunliche Vielfalt von Lebensräumen zu bewohnen. Sie kommen auf jedem Kontinent ausserhalb der Antarktis vor; und in den meisten Ländern findet man zumindest eine Art von terrestrischen Reptilien. Reptilien haben sich an alle erdenklichen Umweltbedingungen angepasst, von den trockensten und heißesten Wüsten bis hin zu feuchten Regenwäldern. Sie sind besonders in den tropischen und subtropischen Regionen Afrikas, Asiens, Australiens und Amerikas verbreitet, wo sie dank der hohen Temperaturen und der grossen Vielfalt an Beutetieren gute Bedingungen vorfinden.

Viele Schlangen- und Echsenarten leben auf Bäumen, während es andere vorziehen, auf dem Waldboden, in Sümpfen und Marschland oder auf dem offenen Land zu leben. Andere Arten wie Meeresschildkröten und Seeschlangen verbringen ihr Leben fast ausschliesslich im offenen Meer. Unter den marinen Echsen gibt es eine Art, die auf den Galapagosinseln heimische Meeresechse Marine Iguana, die den Grossteil ihres Lebens an Land verbringt, ihre Nahrung jedoch oft unter Wasser aufnimmt. Nur in wenigen Gebieten - zumeist auf Inseln - findet man gar keine Reptilien vor; zudem gibt es einige Länder, in denen die Artenvielfalt beschränkt ist. In Neuseeland gibt es zum Beispiel keine einheimischen Schlangen. Allerdings lebt nur hier die seltene Brückenechse, die in ihrer Heimat als Tuatara bekannt ist.

Weil ihre Körperwärme von der Temperatur der Umgebung abhängt, ist der Lebensraum der meisten Reptilien begrenzt, und ihre Verbreitung nimmt zu den Polen hin ab. Doch auch in Gegenden mit längeren Kälteperioden können viele Reptilienarten überleben, indem sie einen Winterschlaf halten.